黔南民族医学高等专科学校创建于1985年11月，是经教育部批准设立的全日制普通高等专科学校，在黔南州第二人民医院基础上改建成立，是当时西南三省唯一的医学专科学校，1992年更名为黔南民族医学高等专科学校，2003年，成立45年的黔南民族卫生学校并入。目前，学校是教育部、卫生部首批“卓越医生教育培养计划”改革试点院校，全国国防教育特色学校、贵州省人才基地、贵州省民族团结进步创建工作示范学校、全省安全文明校园、贵州省养老服务人才培训基地、黔南州人才基地，是中国特色高水平卫生健康高职学校建设联盟和中国卫生健康思想政治工作促进会理事单位。

黔南民族医学高等专科学校现分杉木湖、青云湖和东山三个校区办学，校园总占地面积1167.3亩，校舍面积31万平方米，教学科研行政用房面积191652.33平方米。教学仪器设备总值1.29亿元，纸质图书80.05万册，电子图书45万册。

设有医学系、护理系、药学系、医学检验系、医学影像系、口腔系、马克思主义教学部、基础医学部、公共课教学部、高等职业教育与成人继续教育部，第一附属医院（黔南州人民医院）、第二附属医院（黔南州中医医院）、附属都匀医院（都匀市人民医院），临床技能实训中心等“六系四部三院一中心”，省内外有教学医院22所，实习医院及其他实习基地69家。