白城医学高等专科学校建于1958年，当时隶属省卫生厅。1962年下放地方并调整为中专。1985年以来先后与原白求恩医科大学等三所高校开展联合办学。1998、1999年先后晋升为省部级重点校、国家级重点示范校。2001年与吉林大学共建吉林大学白城医学院，2002年白城粮食学校并入，2004年经教育部批准恢复专科学校。同年6月，原白城铁路医院划归学校作为附属医院。2011年12月经省政府批准上划省管，成为吉林西部、大兴安岭南麓片区唯一一所省属医学类高等专科学校。

学校占地面积75.32万平方米，总建筑面积23.71万平方米。学校师资力量雄厚，现有专任教师504人，生师比16.56:1。其中副高级以上职称202人，占专任教师的40.08%；硕士研究生以上学历237人，占专任教师的47.02%；“双师型”教师317人，占专任教师的62.90%。省级高层次人才10人。有省级优秀教学团队5个。聘请中国工程院陈香美院士等10名专家为学校名誉校长、特聘教授。学校在省内外建立实习基地198家，能够充分满足广大学生课间实习需要。学校牵头成立吉林省医学技术职业教育集团，发展成员单位107家，成功申报国家级示范性职教集团。

学校先后荣获省精神文明建设工作先进单位、省军(警)民共建精神文明先进单位、省级花园式学校、绿色生态校园和吉林省劳动模范集体、教育系统创先争优活动先进集体、吉林省文明单位、全省招生工作先进单位等荣誉。2016年被评为吉林省首届黄炎培职业教育优秀学校。2017年获批国家级职业院校数字校园建设实验校。2018年荣获高等职业院校现代学徒制试点校、吉林省高教科研工作先进单位。2019年，荣获首批全省党建工作示范高校、吉林省现代职业教育改革发展示范校、吉林省“三全育人”综合改革试点高校、中华职教社改革创新实验校。2020年，荣获国家级“模范职工之家”、获批省级“双高”校。2021年7月荣获“吉林省先进基层党组织”称号，是全省唯一一所获此称号的高职高专院校。